L'epicentro dell'industria chimica e farmaceutica svizzera è la città di Basilea. Inizialmente le principali produzioni di Basilea erano i tessuti e i nastri di seta. Proprio per soddisfare le esigenze di questo settore, nacquero le industrie chimiche: dopo la scoperta dei coloranti artificiali alla fine degli anni cinquanta dell'Ottocento, due modeste imprese della città cominciarono a produrne per rifornire la locale industria, ma la concorrenza dei già affermati Konzerns tedeschi spinse le piccole imprese elvetiche a specializzarsi in prodotti esotici e di prezzo elevato, un settore nel quale conquistarono praticamente il monopolio mondiale. Questo costituì la base della moderna industria farmaceutica basilese, che nel 1895 era, per dimensioni, solo un quinto di quella della Germania, ma equivaleva a quella di tutti gli altri paesi europei messi insieme. Nel 1882 le imprese attive in ambito chimico e farmaceutico si riunirono nella SGCI (Schweizerische Gesellschaft für Chemische Industrie), la Società Svizzera per l'Industria Chimica, oggi parte di Economiesusse (associazione mantello delle industrie elvetiche). Il settore chimico e farmaceutico conta 67 000 collaboratori. La maggior parte è impiegata nella ricerca e nello sviluppo. Circa un terzo di quanto viene prodotto dal settore, viene esportato. Le principali aziende sono: Novartis, Roche e Actelion (che assieme rappresentano circa un terzo dello Swiss Market Index).
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